Die in Sauermilchprodukten und in fermentiertem Gemüse enthaltenen Bakterienstämme wirken sich tatsächlich positiv auf die Darmbakterien aus. Die durch zugesetzte oder natürlicherweise enthaltene Bakterien verursachte Gärung bewirkt einen Abbau des Milchzuckers. Dabei entstehen charakteristische Aromastoffe und Milchsäure, die ein Ausflocken der Proteine bewirkt. Sauermilchprodukte sind durch diese Prozesse bekömmlicher als andere Milchprodukte und können bei regelmäßigem Verzehr das positive Miteinander des Mikrobioms (Darmflora) fördern. Dennoch kann die individuelle Wirksamkeit sehr unterschiedlich sein, da die Besiedlung des Darms mit Mikroorganismen, ähnlich wie ein Fingerabdruck, bei jedem anders ist.
In der Vergangenheit wurde vor allem über die Wirksamkeit von Probiotika, also einzelnen Bakterienstämmen, die Lebensmitteln (inklusive Nahrungsergänzungsmitteln) gezielt zugesetzt werden, diskutiert. Diese Bakterien sollen in möglichst großer Zahl lebendig den Darm erreichen und dort eine positive Wirkung auf die Darmflora und das Immunsystem entfalten. Diese Wirkung konnte in der Vergangenheit jedoch nicht zweifelsfrei nachgewiesen werden. Der Begriff "Probiotika" ist eine nicht zulässige gesundheitsbezogene Angabe und darf daher in der EU nicht mehr verwendet werden.
Im Bereich der Darmgesundheit, deren Einfluss auf das Immunsystem und den Rest des Körpers und auch der Möglichkeiten das Mikrobiom positiv zu beeinflussen, wird derzeit intensiv geforscht. Es handelt sich um überaus komplexe Prozesse, die noch nicht vollständig aufgeklärt sind.