Jedes Unternehmen, das MSC- und ASC-zertifizierte Fischprodukte verkaufen möchte, muss zertifiziert sein. Die Zertifizierung erfolgt durch unabhängige externe Gutachter. Im Anschluss werden jährliche Kontrollen und nach drei Jahren eine Neubewertung durchgeführt.
Dadurch wird für jedes Produkt mit einem MSC- oder ASC-Siegel eine lückenlos dokumentierte Lieferkette aufgebaut, in der zertifizierte Fischprodukte jederzeit identifizierbar sind, getrennt werden und zurückverfolgt werden können. Jedes Glied der Lieferkette, das Eigentum an dem Produkt beansprucht oder das Produkt verarbeitet, muss zertifiziert sein – von einer zertifizierten Fischerei oder Fischfarm bis hin zum Händler.
Dementsprechend benötigen Fischfachhändler oder Fischtheken, die zertifizierte Produkte an Endverbraucher und -verbraucherin verkaufen wollen, eine Zertifizierung. Kauft ein Unternehmen bereits fertigverpackte, als zertifiziert gekennzeichnete Produkte ein, die an den Endverbraucher verkauft werden, ohne dass die Verpackung geöffnet, das Produkt umverpackt oder neu gekennzeichnet wird, ist hingegen keine Zertifizierung erforderlich. Solche Produkte werden als verbrauchsfertig und manipulationssicher verpackte Produkte bezeichnet, wie zum Beispiel Einzelhandelspackungen von Tiefkühl-Fischstäbchen oder Dosen mit Makrelenfilets.
Ein Unternehmen muss gewährleisten, dass zertifizierte Ware nicht mit nicht-zertifizierter Ware vermischt wird. Wenn es zu Verstößen kommt, kann dies zur einer unverzüglichen Suspendierung des Zertifikats führen. Das ist unter anderem der Fall, wenn Produkte als zertifiziert verkauft werden, die nachweislich nicht zertifiziert waren.